本发明公开了一种实现质谱分析系统中独立仪器联动的系统和方法，所述系统包括独立仪器和数字输入/数字输出接口卡，所述独立仪器包括质量分析仪器和激光剥蚀仪器，其中，所述质谱分析系统中独立仪器的联动包括联动触发模式和联动中断模式，通过这种方式，本发明可以使得激光剥蚀和质量分析的过程联动起来，实现样品的自动分析，从而使得质谱分析系统整体上效率更高、可靠性更好，也使得质谱分析系统中各独立仪器能够自动高效稳定的运行。